پس از رضایت از طرف باشگاه پرسپولیس کریم باقری به عنوان دستیار جدید اسکوچیچ در تیم ملی شروع به کار می کند.
طبق گزارشات بدست آمده از کادر فنی و موافقت های سران باشگاه پرسپولیس، کریم باقری با دعوت رسمی از سوی فدراسیون فوتبال ایران برای مدتی نه چندان طولانی می تواند در اردوی تیم ملی ایران به عنوان دستیار اسکوچیچ در رقابت های جام جهانی حضور پیدا کند و ایران را در راه رسیدن به این جام همراهی کند.
پس از بررسی های انجام شده این پیشنهاد توسط باشگاه پرسپولیس و نظرسنجی های صورت گرفته بنا شد تا کریم باقری برای کمک به تیمی که برای 85 میلیون نفر جایگاه خاصی دارد و به خصوص طرفداران پرسپولیس که تیم ملی ایران را در طول تاریخ همراهی کرده بودند حاضر شود البته این همراهی به صورت موقت بوده و تا پایان دوره مقدماتی این رقابت ها می باشد.
در حقیقت کریم باقری به همراه محمدحسین کنعانی زادگان، مهدی ترابی، احمد نوراللهی، کمال کامیابی نیا و وحید امیری تنها در بازی های 13 خرداد در برابر هنگ کنگ، 17 خرداد
مقابل بحرین، 21 خرداد در برابر کامبوج و 25 خرداد که ایران به مصاف تیم عراق می رود در اردوی ایران حضور خواهند داشت و بعد از پایان دور مقدماتی برای تمرینات به پرسپولیس باز خواهند گشت.